La tercera pel·lícula, Men in Black, és una seqüela de la famosa comèdia nord-americana. Protagonitzada per Tommy Lee Jones i Will Smith. El director el va tornar a prendre el relleu Barry Sonnenfeld, productor executiu de Steven Spielberg. La pel·lícula va començar als cinemes el 23 de maig de 2012.
El paper de l'heroi negatiu aquesta vegada el pren Jemaine Clement, que interpreta a Boris. Aquest és el criminal que va escapar de la presó lunar. Es crema d’odi cap a l’agent Kay, que el juliol de 1969 va agafar el culpable i el va deixar sense braç. Quan Kay descobreix sobtadament que Boris va fugir, expressa un gran pesar que després durant la seva detenció no el va matar. Després d'això, l'agent simplement desapareix i només la seva parella Jay recorda que existia. La resta del personal de negre creu que Kay va morir en un enfrontament amb algun criminal el 1969.
L’única explicació d’aquesta inversió de la realitat és un canvi en el passat. Jay i l'agent O decideixen que Boris està implicat. Ho confirma un altre esdeveniment a escala còsmica: la invasió de la Terra per part de la raça Boris. A la realitat anterior, això era impossible, ja que Kay va instal·lar un dispositiu de protecció al planeta anomenat "ArkNet". Ara, en relació amb la mort de l'agent, fa diverses dècades, la Terra no tenia cap barrera per als enemics espacials.
Jay descobreix que Boris va ser enviat al passat per Jeffrey Price, un comerciant d'electrònica que tenia un canvi de temps il·legal al seu arsenal. L’agent no té més remei que viatjar en el temps per salvar la seva parella. I és immediatament arrestat pel jove Kay. Durant l’interrogatori, Jay li explica tot i el futur company creu. Junts troben l'Arkanian Griffin, que té l'ArkNet. Ara els tres continuen el seu viatge i es posen en marxa per instal·lar protecció a la lluna. Però en un coet són arrestats pel coronel. Ara es converteix en el guardià secret de Jay.
A partir d’aquest moment, els esdeveniments es desenvolupen ràpidament. Els herois es troben amb dos Boris i es produeix una baralla. Un criminal del futur és llançat al coet i el jove Boris és enviat darrere seu. S'ha establert la protecció per a la Terra. I ara, segons sembla, la missió de Jay està acabada, però apareix un jove criminal que sobreviu miraculosament. El coronel mor, però Boris també és destruït. I ara apareix un nou personatge a la pel·lícula. Un noi surt del cotxe del coronel i comença a buscar el seu pare. L’agent es reconeix a si mateix. Jay torna al seu temps i coneix a Kay al cafè. Tot va tornar enrere.
